Poza organizacją całorocznych treningów i zawodów stowarzyszenie realizuje specjalne programy mające na celu rozwój fizyczny osób upośledzonych umysłowo, jak również edukację społeczeństwa w zakresie tolerancji. Głównymi programami są: Healthy Athletes, ALPs, Sporty Zunifikowane i Sekcje Partnerskie, a także Komisje Rodzinne i MATP.

I. Program Zdrowotny „Healthy Athletes”
Program Healthy Athletes koncentruje się na problemach zdrowotnych sportowców biorących udział w zawodach Olimpiad Specjalnych. Zadaniem programu Special Olympics Healthy Athletes jest umożliwienie, poprzez poprawę zdrowia i sprawności fizycznej, wszystkim sportowcom treningów i startów w zawodach Olimpiad Specjalnych. Poza poprawą dostępności opieki zdrowotnej dla zawodników Olimpiad Specjalnych, celem programu jest również prowadzenie szkoleń dla personelu medycznego, zebranie i analiza wyników badań stanu zdrowia i potrzeb osób z upośledzeniem umysłowym, a także wzrost świadomości społecznej dotyczącej problemów w zakresie opieki zdrowotnej Specjalnych Sportowców.

II. ALPs (Athlets Leadership Program)
Jest to program przeznaczony dla zawodników Olimpiad Specjalnych, którzy chcą działać nie tylko na arenach sportowych. Stworzone zostały dla nich możliwości szerszej samorealizacji, dzięki czemu mogą pełnić role asystentów trenerów, wolontariuszy, sędziów, członków władz w Programach Narodowych, mogą oceniać zawody, współpracować z mediami i w ten sposób propagować ideę Olimpiad Specjalnych.

III. Sporty Zunifikowane
Sporty Zunifikowane to program, w którym w ramach drużyny sportowej łączy się dla celów treningu i udziału w zawodach w przybliżeniu równą liczbę zawodników z upośledzeniem umysłowym z odpowiadającymi im umiejętnościami sportowymi zawodnikami bez upośledzenia umysłowego (partnerzy). Wszyscy członkowie drużyny, zawodnicy i partnerzy, są w zbliżonym wieku oraz prezentują zbliżony poziom sprawności. Drużyny muszą być dobrane w taki sposób, aby zapewnić wszystkim jej uczestnikom takie możliwości w zakresie treningu i współzawodnictwa, które ich motywują i w pełni angażują. Taki dobór prowadzi wszystkich jej członków do doskonalenia w zakresie uprawianej dyscypliny sportu, podniesienia poziomu zadowolenia ze swojej osoby, a wszystkim uczestnikom drużyny zapewnia uzyskanie równego statusu oraz przyczynia się do nawiązywania nowych przyjaźni. Zwiększa również świadomość społeczną o umiejętnościach i możliwościach osób z upośledzeniem umysłowym.

- Sporty Zunifikowane poszerzają gamę możliwości jaką dają Olimpiady Specjalne zawodnikom i partnerom, którzy znajdą w Sportach Zunifikowanych nowe wyzwania;
- Sporty Zunifikowane pomagają w integracji, zmniejszają bariery, które latami oddzielały ludzi z upośledzeniem umysłowym od innych;
- Sporty Zunifikowane dają cenną możliwość uczestnictwa w aktywności ruchowej dla tych, którzy nie są obecnie zaangażowani w Olimpiady Specjalne lub inne programy sportowe;
- Program ten został stworzony i rozwinięty po to ażeby spopularyzować ogólną misje Olimpiad Specjalnych.

W całym programie sportów zunifikowanych są odnośniki do ZAWODNIKÓW (osób z upośledzeniem umysłowym) i PARTNERÓW (osób bez upośledzenia umysłowego). Te określenia są konieczne do rozróżnienia obu grup w teoretycznych rozważaniach. Jednakże nie należy zachęcać do odrębnego określania tych grup i zalecane jest, aby wszystkich uczestników określano jako członków drużyny (zawodników).

IV. Program Rodzinny
Program ten ma na celu zaangażowanie rodzin specjalnych sportowców w działalność Olimpiad Specjalnych a w szczególności do:
- udziału członków rodzin we władzach regionalnych i centralnych,
- tworzenia przy Komitetach Regionalnych i Krajowym – Komisji Rodzinnych,
- działalność rodziców w Sekcjach Olimpiad Specjalnych.

Głównym zadaniem Komisji Rodzinnych jest umożliwienie rodzinom zawodników wspólnych wyjazdów na zawody zarówno krajowe jak i zagraniczne, uczestnictwo w obozach i szkoleniach. Sami rodzice widzą potrzebę aktywnego działania na rzecz ruchu Olimpiad Specjalnych w Polsce, oraz wspomagania różnego rodzaju działaniami w zależności od potrzeb i możliwości. Udostępnienie członkom rodzin możliwości uczestnictwa w szkoleniach specjalistycznych organizowanych przez Stowarzyszenie pomaga w rozwiązywaniu codziennych problemów i daje możliwość pomaganie sobie nawzajem.

Rodzice w ramach Komisji rodzinnych w Śląskim oddziale regionalnych wypełniają zadania w zakresie:
- pomocy dla przewodniczącego sekcji w sprawach administracyjnych: składki, dokumentacja, rozwiązywania problemów zawodników w trudnej sytuacji życiowej (pomoc w transporcie, pomoc rzeczowa),
- pomocy w organizowaniu treningów – pozyskiwanie bezpłatnych obiektów,
- pomocy indywidualnej dla zawodników w czasie zajęć,
- pomocy przy organizacji i przeprowadzeniu zawodów organizowanych przez sekcję/oddział, jak również wewnętrznych sprawdzianach w sekcji,
- działań przygotowawczych – przygotowanie nagród i medali, dekoracja obiektów, roznoszenie informacji o zawodach na danym terenie,
- organizowanie poczęstunków oraz imprez towarzyszących – dyskoteki, ogniska itp.,
- pomocy zawodnikom pełniącym funkcje wolontariuszy,
- organizowanie kibiców.

VI. MATP (Program Treningu Aktywności Motorycznej)
The Motor Activities Training Program – MATP to program rehabilitacyjny Olimpiad Specjalnych przeznaczony dla osób z upośledzeniem umysłowym, które z różnych przyczyn (głęboki stopień upośledzenia, dysfunkcje aparatu ruchu, autyzm) nie mogą uczestniczyć w oficjalnych dyscyplinach i konkurencjach sportowych Olimpiad Specjalnych. W MATP najważniejszy jest udział i indywidualne osiągnięcia każdego z uczestników. Nie ma ściśle określonych przepisów, a współzawodnictwo nie jest tak istotne jak w oficjalnych sportach.